Τα τέλη φοίτησης ανέρχονται σε 3.000 ευρώ ανά φοιτητή. Τα τέλη φοίτησης δύναται να τροποποιούνται σε οποιοδήποτε ποσό, καθώς και κάθε άλλη αλλαγή σύμφωνα με τις ανάγκες υλοποίησης του ΠΜΣ-ΜOGMAT με απόφαση της ελληνο-αζέρικης Ειδικής Διιδρυματικής επιτροπής διοίκησης (ΕΔΕ) του ΔΔΔΚ ΠΜΣ-ΜOGMAT.